Repetitive elements and their genetic applications in zebrafish

Repetitive elements provide important clues about chromosome dynamics, evolutionary forces, and mechanisms for exchange of genetic information between organisms. Repetitive sequences, especially the mobile elements, have many potential applications in genetic research. DNA transposons and retroposons are routinely used for insertional mutagenesis, gene mapping, gene tagging, and gene transfer in several model systems. Once they are developed for the zebrafish, they will greatly facilitate the identification, mapping, and isolation of genes involved in development as well as the investigation of the evolutionary processes that have been shaping eukaryotic genomes. In this review repetitive elements are characterized in terms of their lengths and other physical properties, copy numbers, modes of amplification, and mobilities within a single genome and between genomes. Examples of how they can be used to screen genomes for species and individual strain differences are presented. This review does not cover repetitive gene families that encode well-studied products such as rRNAs, tRNAs, and the like. Les éléments répétés fournissent des informations importantes pour la compréhension de la dynamique des chromosomes, les forces de l'évolution et les mécanismes d'échange d'information génétique entre les organismes. Les séquences répétées, spécialement les éléments mobiles, ont plusieurs applications en recherche génétique. Les transposons et les rétroposons sont couramment utilisés pour la mutagenèse par insertion et pour la cartographie, le marquage et le transfert de gènes dans plusieurs systèmes modèles. Une fois que ces méthodes auront été mises au point chez le poisson-zèbre, elles vont grandement faciliter l'identification, la cartographie et l'isolement de gènes intervenant dans le développement, ainsi que l'étude des processus qui ont modelé les génomes eucaryotes au cours de l'évolution. Dans cette revue, les éléments répétés sont caractérisés selon leur longueur et autres propriétés physiques, leur nombre de copies, leur mode d'amplification et leur mobilité à l'intérieur du même génome ou entre des génomes différents. Nous donnons des exemples de la façon que les éléments répétés peuvent être utilisés pour étudier les différences entre les génomes de diverses souches ou espèces. Cette revue ne couvre pas les familles de gènes répétés codant des produits bien caractérisés, tels les ARN de transfert, les ARN ribosomiques, etc.