Genomic Feature

pd326

ID
ZDB-ALT-210514-7
Name
pd326
Synonyms
None
Affected Genomic Region
Construct
None
Type
Allele with one deletion (1)
Protocol
embryos treated with
Lab of Origin
Poss Lab
Current Source
Other Pages
Notes
Comment Citation
1.7 kb Enhancer deletion via CRISPR. Zebrafish genome coordinates are  ... Thompson et al., 2020
Genome Browser
Variants
Variant Type
Small Deletion
Variant Location
Chr 20: 40690777 - 40692430 (GRCz11) (1) Details
Nucleotide change
AAACGTAGGCTGTCAGTGAAAATCTAATAGACGTCTAAGAATAGGCCAAAACTAGACTAGTCGTCAAATAGGCAGATTACACAGACATTATATGTCTAGTCATTCATTTCTGTTTATTTGATGACTAGTCTAGTTTTGGCCTATTCTTAAAGGTCTATTAGATTTTTACTGACAGCCCAACTTTAGCCTTGTTTTAGATAAGATGACTATGTTTAGACGTCTATTAGGCATCTATTACACATCTTTTAAAAACAAAAAAATGCTTGCTGGAAAGTAGTTTGATCAACAGCAAATGTCATTTTCTTGTATGTACAGTAGGTTTAGATATTGGGTAGGATTAGATTTTCCTGCAAAATAAGCCTTTTGTATATATTAATAAACAATATTTTAATAAACAGTTAATAAGCCATAGTTAATAGTGAGATTTGGTAATTTGGTAAAGTGTTTCCAAAATAATCAGCATAAAACATCCATTTAAGCCTTAAGTATTATTCCCCCCACTCAAAATGGAGTGAATATATCTAATATTTATATATTAGAAGCTTGAATTTGTCTTATTGTATATGAAGACAAACAATATTTACCATTTGCAGCAGAATTAGTTTAGTATTGTTTGCTTTCAGATAAGCATTGCATTCTGTGTTTAAATATTAGTTTAGAAACTCGTTTCCTTTCGTGTGCAGACAAGAATAGCATGTGGGACAACTGTTTTTAACAACCATCCGGTTTGTAAATGCTTTATAGTTTTCCACCAGTAACTTCGCAGCTTTCTTTCCAGTTGATATTAATTTTACATTTCACACTTTATGGGCATTTTACGCAGACTAATTCTCCAGCAGCTGCACCATTAACTGTTCAATCACTCATGGCGTTCGGTGCAATAAAAAGAGCTGTGAGGCGAGACACGGTGCGGGTTTGCGGTGAGGGTGACACACGGGAAGACCCGCTGTGGGCTGACGGAGTGGCATTCAGCGCTCCCAGGCCTGTTTCTGGCTGGCCGCTTTTCCAAAGCCCAGCTCTCCCAGCAGGTGATATGGGTAGCTACTGTTTATTAAGCTGTTTTGTGGGCAGTAAAATGCAAGAAGTGGCCTATTAGGCCTTGTCTGTGTCTGACAGACTGTGGCCAAGCAGTTCACTAATTACTGCTTATAAACGCTTTAATTTCATTACTTATCGCTGAGCCCAGCAAAAAGGAAAGACATTATTTGTTCAAATCCACCAATACCAGTCATGTAAATCACAGTTTACTCTGCTTCCATTTTCCAATTAGGTGCTGCTGGCTTGAGCTCAAATGACAAACTCAGATGCACGTTTTTGCCTAAACTGGGTTAACTTGCTTAAATAAGCACAATCCTGAACTAGTCTTATAAAAAATGGAAAGAAGAAAAATAGGTAACACTTTAATTTCGGTAACAATTCTCACTATTCACTCGTTTACATGCTTATTGCTTAGATAATTGGCTGTGTGTTAGTACTTATACAATCTTATTGTACATGCCTAATCCTACCCAATACCTATTGATATAGAAATCTGATATTTGGAAATATGTGCAAATTACATACACTCACTGGACACTTTATTAGGTACACTGCTCGTTAACGCGAATTTCTAATCAGCCAATCACATGGCAGCAACTCAGTGCATTTAGGCATG/-
Variant Notes
None
Effect on DNA/cDNA, transcript, protein (from publications)
DNA/cDNA Change
1654 bp deleted (1)
Transcript Consequence
None
Protein Consequence
None
Sequences
Flanking Sequence
ACTTATATATTATATGTTCAGTCCACATATATTGTTAAAAACAATTAAGCTTACTTAATTGATTTGTGTTGGGAAACCATGAAGAATATGTGTGGAAGCCAGCATTTTTTATAGTGTAATTTGAACTTGAATGGAGTTATTTTTAATGTCTCAGCATTAGTGTATGTGTCTGACATAAGTAAAGTCAGTAAATATAAGATAATGATTAAAAAAGTTTACAATTTACTTTAAGGTAGAATTCCCCCTAATAAACACTTAATATAAATAAACAGACCGGCTGTTACTTTTGCCTTTATAAACTCCTGGTTGGCTGTTATTAAGGTAGTAATTACACTGTAAAAATATGCTGGGTTCCACACAATTGATTTGTGTTGGGACAACATAAAGGAATTAAGTTTCAAGTTTAAAATCATGAATTGTGTTCTTTCAGCTCATTTTAAATAAACCCAGCAAACAATTTTGTGTTTAATAGACGCTAATAGACGTAGAAAGCTTGGCTA
AAACGTAGGCTGTCAGTGAAAATCTAATAGACGTCTAAGAATAGGCCAAAACTAGACTAGTCGTCAAATAGGCAGATTACACAGACATTATATGTCTAGTCATTCATTTCTGTTTATTTGATGACTAGTCTAGTTTTGGCCTATTCTTAAAGGTCTATTAGATTTTTACTGACAGCCCAACTTTAGCCTTGTTTTAGATAAGATGACTATGTTTAGACGTCTATTAGGCATCTATTACACATCTTTTAAAAACAAAAAAATGCTTGCTGGAAAGTAGTTTGATCAACAGCAAATGTCATTTTCTTGTATGTACAGTAGGTTTAGATATTGGGTAGGATTAGATTTTCCTGCAAAATAAGCCTTTTGTATATATTAATAAACAATATTTTAATAAACAGTTAATAAGCCATAGTTAATAGTGAGATTTGGTAATTTGGTAAAGTGTTTCCAAAATAATCAGCATAAAACATCCATTTAAGCCTTAAGTATTATTCCCCCCACTCAAAATGGAGTGAATATATCTAATATTTATATATTAGAAGCTTGAATTTGTCTTATTGTATATGAAGACAAACAATATTTACCATTTGCAGCAGAATTAGTTTAGTATTGTTTGCTTTCAGATAAGCATTGCATTCTGTGTTTAAATATTAGTTTAGAAACTCGTTTCCTTTCGTGTGCAGACAAGAATAGCATGTGGGACAACTGTTTTTAACAACCATCCGGTTTGTAAATGCTTTATAGTTTTCCACCAGTAACTTCGCAGCTTTCTTTCCAGTTGATATTAATTTTACATTTCACACTTTATGGGCATTTTACGCAGACTAATTCTCCAGCAGCTGCACCATTAACTGTTCAATCACTCATGGCGTTCGGTGCAATAAAAAGAGCTGTGAGGCGAGACACGGTGCGGGTTTGCGGTGAGGGTGACACACGGGAAGACCCGCTGTGGGCTGACGGAGTGGCATTCAGCGCTCCCAGGCCTGTTTCTGGCTGGCCGCTTTTCCAAAGCCCAGCTCTCCCAGCAGGTGATATGGGTAGCTACTGTTTATTAAGCTGTTTTGTGGGCAGTAAAATGCAAGAAGTGGCCTATTAGGCCTTGTCTGTGTCTGACAGACTGTGGCCAAGCAGTTCACTAATTACTGCTTATAAACGCTTTAATTTCATTACTTATCGCTGAGCCCAGCAAAAAGGAAAGACATTATTTGTTCAAATCCACCAATACCAGTCATGTAAATCACAGTTTACTCTGCTTCCATTTTCCAATTAGGTGCTGCTGGCTTGAGCTCAAATGACAAACTCAGATGCACGTTTTTGCCTAAACTGGGTTAACTTGCTTAAATAAGCACAATCCTGAACTAGTCTTATAAAAAATGGAAAGAAGAAAAATAGGTAACACTTTAATTTCGGTAACAATTCTCACTATTCACTCGTTTACATGCTTATTGCTTAGATAATTGGCTGTGTGTTAGTACTTATACAATCTTATTGTACATGCCTAATCCTACCCAATACCTATTGATATAGAAATCTGATATTTGGAAATATGTGCAAATTACATACACTCACTGGACACTTTATTAGGTACACTGCTCGTTAACGCGAATTTCTAATCAGCCAATCACATGGCAGCAACTCAGTGCATTTAGGCATG/- TAGGGGGGAGGAGGTGATTTAAATGACTTTTAATGTGGTGTGGTTGTTGGTACCAGACGGGCTGTTCTGGCACAACCATC  ...
Additional Sequence
None
Fish
Supplemental Information
Genotyping protocol
None
Citations